橙子內部果肉發紅主要分為正常品種特性、天然色素積累兩類安全情況，以及少數變質感染的異常情況，其中紅肉橙子品種是最常見的紅色果肉來源。
1. 品種特性：血橙（如塔羅科血橙、紅玉血橙）、紅江橙等專門培育的紅肉橙子品種，果肉中會大量合成花青素（血橙）或番茄紅素、β-胡蘿卜素（紅江橙），成熟后果肉自然呈現紅色至深紅色，屬于安全優質的食用品種。
2. 天然色素積累：普通甜橙在掛果期接受充足光照、完全成熟，或經過適宜低溫儲存誘導類胡蘿卜素合成時，果肉顏色會輕微泛紅，這類情況不影響食用安全性。
3. 異常變質：如果橙子儲存不當被致病真菌（如部分紅曲霉）感染，或遭受嚴重低溫凍害，果肉會出現不均勻發紅，同時伴隨軟爛、發霉、異味等現象，這類橙子不可食用。
4. 人工染色的情況極為罕見，且染色僅會附著在果皮或果肉表層，不會均勻滲透到整個果肉內部，可通過切開觀察果肉整體色澤判斷是否為天然發紅。